TCGA 数据分析实战 —— 富集分析
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莎莎兔
2026-07-02 18:27:23
Gene Ontology（基因本体）用于描述基因功能的类，分为分子功能、生物过程和细胞组分三类。KEGG则是一个整合基因组、生物学途径、疾病、药物和生物化学物质信息的数据库，包含基因与基因产物、分子间相互作用和网络。
富集分析主要有四类方法，通常涉及基因数量、通路基因数量、兴趣基因数量等参数计算。使用TCGABiolinks和clusterProfiler包进行GO富集分析，其中TCGABiolinks提供TCGAanalyze_EAcomplete函数，clusterProfiler则有enrichGO和gseGO两个函数。这些方法对基因进行排序，计算富集分数，绘制热图、条形图等展示结果。
KEGG通路富集分析同样采用类似方法，分为enrichKEGG和gseKEGG两种。结果可视化采用通路网络结构、热图、Enrichment Map、upset图和山脊图等多种方式，展示基因间关系和表达模式，有助于理解通路间互作。
以上是对TCGA数据分析中富集分析的概述，具体方法和技术细节将在后续内容中深入探讨。
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