生信技能10 - 生物信息分析常用Linux命令集合 (建议收藏！)
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青春期躁动症
2025-03-28 01:57:11
在生物信息学领域，Linux命令是进行数据管理和分析的基础。以下是一系列基本和高级的Linux命令，它们对于生物信息学研究者来说是必不可少的工具。
1. **解压和压缩命令**
- 解压一个文件例如 `file.tar.gz` 到指定目录。
- 创建压缩文件，如 `zip/7z/gz` 格式文件的解压缩。
2. **文件赋予权限命令**
- 使用这些命令为文件和目录设置读、写、执行权限。
3. **查看命令**
- 查看当前目录的全部文件夹和文件。
- 查看文件/文件夹的大小。
- 查看当前磁盘的空间大小。
- 查看文件内容，包括gz文件。
- 使用`wc`命令统计文件的行数、字数和字节数。
4. **文件操作命令**
- 使用`find`命令查找文件，高级用法允许更细致的搜索。
- 文件定向输出。
- 文件重命名。
- 创建软链接，类似于快捷方式。
5. **文件切分命令**
- 使用`cut`命令输出文件指定内容。
- 使用`split`命令将大文件切分为小文件，便于管理。
6. **文件的比较与校验命令**
- 比较两个文件的差异。
- 文件MD5校验，确保文件的完整性和一致性。
7. **进程管理命令**
- 使用`top`或`i`命令动态显示进程信息。
- 终止进程，可以通过进程ID或信号进行终止。
8. **文本排序命令（sort）**
- 使用`sort`命令对文本进行排序，如对`samtools`排序为`sort`。
9. **文本筛选（grep）**
- 掌握`grep`命令的基本使用，包括正则表达式的应用，如匹配特定字符集、空白字符、数字等。
10. **高级命令（sed）**
- 使用`sed`命令进行文本的高级替换和操作。
11. **awk**
- 掌握`awk`命令进行数据处理和脚本编写。
12. **vim高级技巧**
- 利用vim编辑器的快捷键和命令进行高效文本编辑，包括但不限于：定位、复制、粘贴、撤销等操作。
以上命令集合涵盖了生物信息分析过程中的文件管理、数据处理、脚本编写等关键步骤，是生物信息学研究者必须掌握的基础技能。
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