Ubuntu+python将nii图像保存成png格式

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这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。

这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法:

https://www.haodaima.com/article/165692.htm

系统:Ubuntu 16.04

软件: python 3.5

先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。

import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os
 
def read_niifile(niifile):   #读取niifile文件
 img = nib.load(niifile)   #下载niifile文件(其实是提取文件)
 img_fdata = img.get_fdata()  #获取niifile数据
 return img_fdata
 
def save_fig(file):     #保存为图片
 fdata = read_niifile(file)  #调用上面的函数,获得数据
 (x,y,z) = fdata.shape   #获得数据shape信息:(长,宽,维度-切片数量)
 for k in range(z):
  silce = fdata[k,:,:]   #三个位置表示三个不同角度的切片
  imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)
          #将切片信息保存为png格式
 
dir = './.nii'      #nii的路径
savepicdir = ''      #保存png的路径
os.mkdir(savepicdir)     #创建文件夹
save_fig(dir)      #运行程序,保存为图像

不要忘记返回img_fdata,否则下一个文件会报错。

到此这篇关于Ubuntu+python将nii图像保存成png格式就介绍到这了。人得自知,既然没种去死,那就找点乐子活下去。更多相关Ubuntu+python将nii图像保存成png格式内容请查看相关栏目,小编编辑不易,再次感谢大家的支持!

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